Берега водохранилища сложены из песков, суглинков, супесей и подвержены разрушению, особенно в весенне-летний период. Правый берег водоема почти на всем протяжении крутой, покрыт хвойным лесом. Левый берег пологий, покрыт смешанным лесом и кустарником, местами луговой растительностью. Вдоль левобережья выделяются плоские мелководья на бывших островах.
Берега водохранилища изрезаны небольшими заливами, в затопленных руслах рек Орда, Каракан и Мильтюш расположены убежища для стоянки судов в штормовую погоду.
На участке от города Камень-на-Оби до селения Малетино (530 км) русло многорукавное с большим количеством островов. Вдоль правого берега водохранилища почти на всем его протяжении глубины по за-топленному руслу реки Обь наибольшие. Левобережная сторона представляет собой затопленную пойму.