Главная особенность Новосибирского водохранилища – это сочетание озерных и речных условий плавания, которые связаны с изменением метеорологических условий, что требует от судоводителей хорошей подготовки и опыта плавания по данному участку.
На отдельных участках водохранилища имеются зоны затопленных кустов и пней, которые показаны на карте, заходить в эти зоны опасно.
Озерная часть водохранилища от селения Ордынское (581 км) до шлюза затруднительна и опасна для судоходства при неблагоприятных метеорологических условиях.